Em 1913 com a chegada dos trilhos da Estrada de Ferro Noroeste do Brasil, forma se um povoado que passa a ser conhecido como Rio Verde, nome resultante devido o povoado ser banhado pelo Rio Verde, a povoação a princípio formada apenas por construtores da estrada, foi acrescida de comerciantes. O pequeno agrupamento de casas foi evoluindo devido às necessidades surgidas para a instalação dos trilhos da NOB, e consequentemente surgiu a primeira Indústria ao fornecimento de madeiras para os dormentes da estrada.
Em 14 de outubro de 1914 ocorre a inauguração oficial da linha férrea, o que foi um marco, visto que até esse ano havia somente a opção do sofrido caminho dos carros de bois, das tropas de carga e das lamacentas estradas que acessavam a localidade. Logo depois da entrega da linha, em 1917, a ferrovia foi fundida com a Noroeste do Brasil, que fazia o trecho inicial no Estado de São Paulo, entre Bauru e Itapura (somente em 1952 a cidade de Corumbá seria alcançada pelos trilhos). No ano de 1932, devido ao crescimento que atingiu o povoado de Rio verde, foi reconhecido como Distrito de paz de Três Lagoas, com o nome alterado para Água Clara, considerando-se a água cristalina que abastecia a população e que essa água era proveniente do córrego Água Clara, mudou o nome que permanece até os dias de hoje.
No ano de 1953, pela Lei nº 676, de 11 de dezembro, o Distrito de Água Clara é elevado à categoria de Município, sendo sua instalação efetivada a 8 de fevereiro de 1954, assumindo provisoriamente a Prefeitura o Juiz de Paz, Sr. Cassiano Vitório da Silva. Pelas eleições marcadas e realizadas no dia 3 de outubro deste mesmo ano é eleito Evaristo Mariano Rodrigues, o primeiro Prefeito Municipal de Água Clara. Em 1975, o trecho férreo de Água Clara foi incorporada como uma divisão da RFFSA. Em 1977, o sul de Mato Grosso é desmembrado para dar origem ao atual estado de Mato Grosso do Sul, a qual Água Clara faz parte atualmente. Em 1996 a ferrovia foi privatizada pelo governo FHC e entregue em concessão para a Novoeste. A consequência da privatização é o início da modernização da área: demoliram o depósito onde ficavam guardados maquinas e vagões, a maioria dos ferroviários foram embora, as casas foram ficando abandonadas, onde pessoas foram invadindo e muitas foram reformadas, o quartinho dos truqueiros foi demolido.